Telefon

+48 42 677 04 60

Email

biuro@polgen.com.pl

Adres

ul. Puszkina 80, 92-516 Łódź

Sekwencjonowanie RNA (transkryptomu)

Polgen   →  Sekwencjonowanie RNA   →  Sekwencjonowanie RNA (transkryptomu)
BGI RNA
OPIS USŁUGI
SPECYFIKACJA USŁUGI SEKWENCJONOWANIA
NGS Automatyka.1

Opis usługi

Sekwencjonowanie transkryptomu jest wykorzystywane w celu wykazania obecności, ilości i struktury RNA w próbce biologicznej w określonych warunkach. W porównaniu do metod kwantyfikacji RNA opartych na hybrydyzacji, takich jak analiza mikromacierzy, wykrywanie transkryptomu opartego na sekwencjonowaniu może badać poziom ekspresji genu z niskim tłem, wysoką dokładnością i wysoki poziomem odtwarzalności w szerokim zakresie dynamiki. Ponadto, sekwencjonowanie transkryptomu nie wymaga obecności sekwencji genomu i może wykrywać mutacje, warianty splicingowe i geny fuzyjne, które nie mogą być wykryte za pomocą mikromacierzy.

Unikatowa platforma technologiczna DNBseqTM

Usługi sekwencjonowania transkryptomu firmy BGI przeprowadzane są przy użyciu unikatowej platformy technologicznej, zapewniając doskonałe dane sekwencjonowania przy najniższych kosztach w branży.

DNBseqTM jest własną technologią sekwencjonowania, opracowaną przez filię firmy BGI-Complete Genomics w Dolinie Krzemowej.

Zastosowanie:

  • odkrywanie biomarkera,
  • opracowywanie leków,
  • badania ewolucyjne,
  • badanie odporności i zdolności adaptacyjnych.

Etapy projektu

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Doświadczeni specjaliści laboratoryjni przestrzegają ścisłych procedur jakościowych, aby zapewnić rzetelność wyników.

Specyfikacja usługi sekwencjonowania

Usługi sekwencjonowanie transkryptomu firmy BGI są przeprowadzane przy użyciu platformy technologicznej DNBseq ™, generując korzyści związane z niskimi kosztami i szybkim czasem realizacji.

Przygotowanie próbki i usługi

pppp
  • Wiele możliwości wyboru zestawów do wzbogacania mRNA i usuwania rRNA.
  • Dostępne jest sekwencjonowanie niciowe i nieniciowe.
  • Dostępne są opcje sekwencjonowania w trybie sparowanych końców 100 pz i 150 pz.
  • Zalecane jest ≥ 30 milionów odczytów na próbkę.
  • Surowe dane i analizy bioinformatyczne są dostępne w standardowych formatach plików.
  • Zaawansowana i niestandardowa analiza danych bioinformatycznych.
  • Oparty na chmurze system przechowywania i dostarczania danych.

Standard jakości sekwencjonowania

  • Gwarantowane ≥80% zasad z indeksem jakości ≥Q30.

Czas realizacji

2222
  • Standardowo 30 dni roboczych od akceptacji próbki przez Kontrolę Jakości do dostępu do filtrowanych, surowych danych.
  • Dostępna jest usługa ekspresowa. Aby uzyskać szczegółowe informacje, skontaktuj się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Wymagania dotyczące próbki

Firma BGI akceptuje próbki całkowitego RNA, z krwi, linii komórkowej, FFPE, świeżej zamrożonej tkanki i próbki pojedynczych komórek z różnych gatunków, z następującymi ogólnymi wymaganiami.

OD:
OD260/280 ≥1.8
OD260/230 ≥1.8

Analiza danych

Oprócz surowych danych wyjściowych, BGI oferuje szereg standardowych i niestandardowych analiz bioinformatycznych dla projektu sekwencjonowania transkryptomów. Raporty i pliki danych wyjściowych są dostarczane w standardowych formatach: FASTQ, BAM i Excel.

Standardowe analizy (z odniesieniem)

  • Ilościowe profile ekspresji.
  • Alternatywna analiza splicingu.
  • Analiza genu fuzyjnego.
  • Wykrywanie SNP i Indeli.
  • Analiza szeregów czasowych.
  • Analiza ontologii genów.
  • Analiza wzbogacenia ścieżek.
  • Hierarchiczna analiza klastrów.
  • Analiza interakcji białko-białko (PPI).
  • Anotacja genu patogennego grzyba (dla grzybów).
  • Anotacja genów odporności na choroby roślin (dla roślin).

Analiza na zamówienie

Dostępna jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej, aby bardziej spełniała wymagania projektu klienta. Skontaktuj się z przedstawicielem technicznym BGI.

POLGEN 2020