Opis usługi
Małe RNA są rodzajem niekodujących cząsteczek RNA (ncRNA), które mają mniej niż 200 nukleotydów długości. Są one często zaangażowane w wyciszaniu genu i potransplantacyjnej regulacji ekspresji genu. Sekwencjonowanie małych RNA jest wykorzystywane do odkrywania nowych, małych RNA, badania różnicowej ekspresji wszystkich małych RNA i charakteryzowania wariantów różniących się jedną zasadą.
Opcja usługi Unikalnych Identyfikatorów Molekularnych (UMIs)
Unikalne Identyfikatory Molekularne (UMIs) mogą być wykorzystywane do eliminowania niepożądanych duplikatów PCR pochodzących od jednej molekuły. Zakłada się, że cząsteczki, po PCR, posiadające identyczne UMIs pochodzą od tej samej cząsteczki początkowej. Jako takie, liczenie UMIs oferuje lepsze wyniki niż liczenie odczytów, co prowadzi do dokładniejszych szacunków ilościowej ekspresji małego RNA [1]. Technologia UMI jest szczególnie korzystna dla klientów prowadzących badania na rzadkich i cennych próbkach lub próbkach zawierających mniej RNA, takich jak eksosomy.
Technologia sekwencjonowania DNBseq™
DNBseq™ jest innowacyjnym rozwiązaniem sekwencjonowania wysokoprzepustowego, opracowanego przez filię firmy BGI-Complete Genomics w Dolinie Krzemowej. System wykorzystuje kombinatoryczną syntezę sond ( ang. Combinatorial Probe-Anchor Synthesis (cPAS), linearnej isotermicznej Replikacji Rolling-Circle i technologii nanokulek DNA (DNB™) oraz wysokorozdzielcze obrazowanie cyfrowe [2].
Połączenie amplifikacji linowej i technologii DNA zmniejsza współczynnik błędu jednocześnie wzmacniając sygnał. Wielkość DNB jest kontrolowana w taki sposób, że tylko jedno DNB jest związane do aktywnego miejsca na kartridżu. Ta technologia macierzy z gęstym wzorem zapewnia optymalną dokładność sekwencjonowania i zwiększa wykorzystanie kartridża.
Techniczna reproduktywność
Usługa sekwencjonowania DNBseq™ małych RNA z opcjonalną technologią UMI dostarcza dokładne, niedrogie i wysokiej jakości dane sekwencjonowania w celu wsparcia akademickich i klinicznych badań.
Aby zademonstrować wysoką techniczną reproduktywność sekwenatora z technologią DNBseq™ dla sekwencjonowania małych RNA, sześć próbek z ludzkiego mózgu, dwie z serca i dwie z krwi zostały zsekwencjonowane [3]. Reproduktywność została oceniona przy użyciu 6 powtórzeń próbek z ludzkiego mózgu. Mediana korelacji między sześcioma powtórzeniami wynosiła 0,98, a kwantyle 25% i 75% wynosiły odpowiednio 0,98 i 0,99.
[1] Fu Y, Wu PH, Beane T, Zamore PD, Weng Z: Elimination of PCR duplicates in RNA-seq and small RNA-seq using unique molecular identifiers. BMC Genomics 2018;19:531.
[2] Drmanac R et al. : Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays. Science 2010;327:78-81.
[3] Fehlmann T, Reinheimer S, Geng C, Su X, Drmanac S, Alexeev A, Zhang C, Backes C, Ludwig N, Hart M, An D, Zhu Z, Xu C, Chen A, Ni M, Liu J, Li Y, Poulter M, Li Y, Stahler C, Drmanac R, Xu X, Meese E, Keller A: cPAS-based sequencing on the BGISEQ-500 to explore small non-coding RNAs. Clin Epigenetics 2016;8:123.
Etapy projektu
Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Bardzo doświadczeni profesjonaliści laboratoryjni ściśle przestrzegają procedur jakościowych, aby zapewnić integralność wyników sekwencjonowania.
Specyfikacja usług sekwencjonowania
Usługi sekwencjonowania BGI małych RNA są wykonywane na sekwenatorze wykorzystującym technologię firmy BGI DNBseq™.
Przygotowanie próbki i usługi
Standard jakości sekwencjonowania
Czas realizacji
Wymagania dotyczące próbki
Firma BGI akceptuje próbki ludzkie, roślinne, zwierzęce lub mikrobiologiczne spełniające następujące wymagania:
Analiza danych
Oprócz surowych danych, BGI oferuje szereg standardowych i niestandardowych analiz bioinformatycznych. Raporty i pliki z danymi dostarczane są w standardowych formatach pliku FASTQ i Excel z gotowymi do publikacji tabelami i rysunkami.
Analiza na zamówienie
Dostępna jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej, aby bardziej spełniała wymagania projektu klienta. Skontaktuj się z przedstawicielem technicznym BGI.