Opis usługi

Usługa RNA-Seq (kwantyfikacja) firmy BGI wykorzystywana jest w celu wykazania obecności i ilości RNA w próbce biologicznej w określonych warunkach. W porównaniu do metod ilościowych RNA opartych na hybrydyzacji, takich jak analiza mikromacierzy, oparte na sekwencjonowaniu wykrywanie transkryptomu, może badać poziom ekspresji genu z niskim tłem, wysoką dokładnością i wysokim poziomem odtwarzalności w szerokim  zakresie dynamiki. RNA-Seq (kwantyfikacja) pozwala na badanie całego transkryptomu w bardzo wydajny i ilościowy sposób przy rozdzielczości pojedynczej zasady.

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Doświadczeni specjaliści laboratoryjni przestrzegają ścisłych procedur jakościowych, aby zapewnić rzetelność wyników.

Etapy projektu

Sekwencjonowanie RNA (kwantyfikacja) wykonywane jest przy użyciu własnej platformy technologicznej DNBseq™, generując korzyści związane z niskimi kosztami i szybkim czasem realizacji.

Przygotowanie próbki i usługi:

pppp
  • Sekwencjonowanie w trybie pojedynczego końca 50pz.
  • Surowe dane i analiza bioinformatyczna są dostępne w standardowych formatach plików.
  • Zaawansowana i niestandardowa analiza danych bioinformatycznych.
  • Oparty na chmurze system przechowywania i dostarczania danych.
  • ≥ 20 milionów odczytów na próbkę.

Czas realizacji

2222
  • Platforma DNBseqTM: standardowo 25 dni roboczych od akceptacji próbki przez Kontrolę Jakości do dostępu filtrowanych surowych danych.
  • Dostępne są usługi ekspresowe. Aby uzyskać szczegółowe informacje, skontaktuj się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Wymagania dotyczące próbek

Analiza danych

Oprócz czystych danych wyjściowych, BGI oferuje szereg standardowych i niestandardowych analiz bioinformatycznych dla sekwencjonowania genów RNA-Seq. Raporty i pliki z danymi wyjściowymi są dostarczane w standardowym formacie FASTQ i formatach plików Excel z tabelami i rysunkami gotowymi do publikacji.

Standardowa analiza

  • filtracja,
  • analiza statystyczna sekwencjonowania,
  • adnotacja ekspresji genów,
  • różnicowa analiza ekspresji genów,
  • identyfikacja genów o różnej ekspresji w grupach próbek,
  • analiza wzorców ekspresji,
  • analiza wzbogacenia ontologii genowej,
  • analiza wzbogacenia ścieżek,
  • analiza sieci interakcji białko-białko,
  • analiza czynnika transkrypcji (dla roślin),
  • analiza PCA,
  • analiza specyficzna dla warunków,
  • analiza sieci koekspresji genów.

Analiza na zamówienie

Dostępna jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej, aby bardziej spełniała wymagania projektu klienta. Skontaktuj się z przedstawicielem technicznym BGI.