Opis usługi

Ponowne sekwencjonowanie całego genomu roślin i zwierząt (WGRS) obejmuje sekwencjonowanie całego genomu rośliny lub zwierzęcia i porównanie sekwencji z sekwencją znanego genomu referencyjnego. Ponowne sekwencjonowanie genomu roślinnego i zwierzęcego pozwoli zidentyfikować wariacje genetyczne, takie jak SNP i InDels i odkryje inne zmiany genetyczne zsekwencjonowanego gatunku. Zastosowano go do identyfikacji funkcjonalnych genów i markerów z ważnymi cechami, aby ułatwić hodowlę molekularną oraz poprawić produkcję rolną i ochronę rolnictwa.

Wybór platform dla WGRS roślin i zwierząt

Usługi sekwencjonowania BGI całego genomu roślin i zwierząt  są wykonywane na sekwenatorze Illumina lub wyłącznie na sekwenatorze BGISEQ, w celu uzyskania doskonałych danych sekwencjonowania przy najniższych kosztach w branży.

BGISEQ jest własną technologia sekwencjonowania, opracowaną przez filię firmy BGI-Complete Genomics w Dolinie Krzemowej.

Zastosowanie

  • Identyfikacja alleli.
  • Identyfikacja gatunku.
  • Badanie zasobów roślinnych i zwierzęcych.
  • Rozwój i hodowla markerów molekularnych.
  • Konstrukcja mapy genomowej.
  • Badania genetyki populacji.

Etapy projektu

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Doświadczeni specjaliści laboratoryjni przestrzegają ścisłych procedur jakościowych, aby zapewnić rzetelność wyników.

Specyfikacja usługi sekwencjonowania

Usługi sekwencjonowania całego genomu roślin i zwierząt BGI są wykonywane na sekwenatorze BGISEQ i na sekwenatorze Illumina.

Przygotowanie próbki i usługi

pppp
  • Dostępne są metody tworzenia bibliotek opartych na PCR i bez PCR.
  • Dostępne są opcje sekwencjonowania w trybie sparowanych końców 100 pz i 150 pz.
  • Surowe dane i analizy bioinformatyczne są dostępne w standardowych formatach plików.
  • System przechowywania i dostarczania danych online.
  • Zaawansowana i niestandardowa analiza danych bioinformatycznych.

Standard jakości sekwencjonowania

1111111
  • Gwarantowane ≥90% zasad z indeksem jakości Q20.
  • Standardowe pokrycie sekwencjonowania 5-10X do badania populacji.
  • Standardowe pokrycie sekwencjonowania 10-30X do indywidualnego badania.

Czas realizacji

2222
  • Standardowo 30-40 dni roboczych od akceptacji próbki przez Dział Kontroli Jakości do dostępności filtrowanych danych surowych, w zależności od sekwenatora.
  • Ekspresowe usługi są dostępne. Aby uzyskać szczegółowe informacje, skontaktuj się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Wymagania dotyczące próbki

Możemy przetwarzać próbki gDNA zgodnie z następującymi wymaganiami:

Analiza danych

Oprócz czystych danych wyjściowych, BGI oferuje szereg standardowych i zindywidualizowanych analiz bioinformatycznych do projektu resekwencjonowania całego genomu roślin i zwierząt.

Analiza standardowa

  • Filtracja.
  • Uliniowienie.
  • Połączenia i adnotacje SNP.
  • Walidacja i porównanie SNP.
  • Funkcjonalność i prognoza ochrony SNP.
  • Statystyka SNP według elementu funkcjonalnego.

Dostępna zaawansowania analiza

  • Wykrywanie zmian (Indel, SV, CNV).
  • Analiza ewolucji populacji.
  • Wykrywanie mutacji punktowych (dziki vs. mutant).
  • Wykrywanie mutacji punktowych (MutMap).
  • Konstrukcja HapMap.
  • Analiza GWAS.
  • Kontrola map sprężeń i mapowanie QTL.

Analiza na zamówienie

Dostępna jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej, aby bardziej spełniała wymagania projektu klienta. Skontaktuj się z przedstawicielem technicznym BGI.