Opis usługi

Ponad 99% naturalnych mikroorganizmów nie może być izolowanych i hodowanych klonalnie. Tradycyjne izolowanie i metody zależne od hodowli są ograniczone do badań mikroorganizmów w ich naturalnym środowisku. Badania metagenomiczne  materiału genetycznego bezpośrednio uzyskiwanego z próbek środowiskowych skorzystały w znacznej mierze z zawansowanej technologii NGS jako metody badawczej różnorodności biologicznej drobnoustrojów.

Usługa badania metagenomicznego BGI wykorzystuje sekwencjonowanie losowe całego genomu DNA wyizolowanego z próbek środowiskowych, z zaletami wysokiej przepustowości i wysokiego pokrycia. Może ono dostarczyć informację nie tylko na temat składu czy obfitości gatunkowej, ale także na temat genów funkcjonalnych, różnicy genowej pomiędzy próbkami, dróg metabolicznych i wydobycia zasobów genowych dla produktów bioaktywnych.

Etapy projektu

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Bardzo doświadczeni profesjonaliści laboratoryjni ściśle przestrzegają procedur jakościowych, aby zapewnić integralność wyników sekwencjonowania.

Specyfikacja usługi sekwencjonowania

Usługi Sekwencjonowania Badań Metagenomicznych BGI przeprowadzane są na sewkenatorze HiSeq Illumina.

Przygotowanie próbki i usługi

pppp
  • Sekwencjonowanie w trybie sparowanego końca 150 pz.
  • Surowe dane, Standardowa i spersonalizowana analiza danych.
  • System przechowywania i przesyłania danych w oparciu o chmurę.

Standard jakości sekwencjonowania

1111111
  • Q2083%

Czas realizacji

2222
  • Standardowo 40 dni roboczych od zaakceptowania próbki przez Kontrolę Jakości do dostępności do przefiltrowanych surowych danych.
  • Dostępna jest usługa ekspresowa, w sprawie szczegółów należy skontaktować się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Wymagania dotyczące próbki

Firma BGI akceptuje genomowe DNA z różnych próbek środowiskowych spełniających poniższe ogólne wymagania:

Analiza danych

Oprócz surowych danych wyjściowych, BGI oferuje zakres standardowych i spersonalizowanych, bioinformatycznych baz danych dla projektu sekwencjonowania całego genomu.

Analiza standardowa

  • Filtrowanie danych.
  • Uliniowienie (ang. Alignment).
  • Składanie metagenomiczne De Novo.
  • Niezdublowany katalog genów.
  • Predykcja profagowych elementów transpozycyjnych.
  • Funkcjonalna annotacja w oparciu o KEGG, CAZy, eggNOG, ARDB.
  • Analiza składu i różnorodności gatunkowej.
  • Ilościowa i różnicująca analiza obfitości gatunkowej.
  • Analiza głównych składników.

Analiza na zamówienie

Możliwa jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej, aby była odpowiednia dla twojego unikatowego projektu.