Opis usługi

Ponad 99% naturalnych mikroorganizmów nie może być izolowanych i hodowanych klonalnie, podczas gdy tradycyjne izolowanie i metody zależne od hodowli stanowią wyzwanie dla badań mikroorganizmów w ich naturalnym środowisku. Badania metagenomiczne  materiału genetycznego, bezpośrednio uzyskiwanego z próbek środowiskowych, skorzystały w znacznej mierze z zawansowanej technologii NGS jako metody badawczej biologicznej różnorodności drobnoustrojów.

Regiony 16S i 18S rDNA są superzmiennymi regionami w genach 16S lub 18S rRNA w bakteriach i grzybach, podczas gdy region ITS (Internal Transcribed Spacer) jest wewnętrznym regionem niekodującym DNA pomiędzy małą a dużą podjednostką genów rRNA bakterii, grzybów i archeowców.

Porównywanie sekwencji regionów 16S / 18S / ITS ma szerokie zastosowanie w taksonomii i filogenezie molekularnej ze względu na łatwą amplifikację za pomocą PCR, nawet z małych ilości DNA, jednocześnie mając wysoki stopień zmienności nawet między blisko spokrewnionymi gatunkami.

Etapy projektu

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Doświadczeni specjaliści laboratoryjni przestrzegają ścisłych procedur jakościowych, aby zapewnić rzetelność wyników.

Specyfikacja usługi sekwencjonowania

Usługi sekwencjonowania amplikonu 16S / 18S / ITS wykonywane są na sekwenatorze  Illumina HiSeq 2500 lub MiSeq.

Przygotowanie próbki i usługi

pppp
  • PCR jest wykorzystywany do izolacji różnych regionów 16S/18S/ITS.
  • Sekwencjonowanie PE250 na MiSeq lub HiSeq 2500 oraz PE300 na MiSeq.
  • Czyste dane sekwencjonowania są dostępne w standardowych formatach plików.
  • Dostępna jest niestandardowa analiza danych bioinformatycznych.
  • Oparty na chmurze system przechowywania i dostarczania danych.

Standard jakości sekwencjonowania

1111111
  • Do ≥ 80% zasad z indeksem jakości ≥Q30, w zależności od wybranej strategii sekwencjonowania.
  • Zalecane pokrycie sekwencjonowania zależy od złożoności próbki.

Czas realizacji

2222
  • Standardowo 30 dni roboczych od zaakceptowania próbki przez Kontrolę Jakości do dostępności do przefiltrowanych surowych danych.
  • Dostępna jest usługa ekspresowa, w sprawie szczegółów należy skontaktować się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Analiza danych

Oprócz surowych danych wyjściowych, BGI oferuje zakres standardowych i spersonalizowanych, bioinformatycznych baz danych dla projektu sekwencjonowania całego genomu.

Analiza standardowa

  • Filtracja.
  • Tagi są skupione w OUT. PCA, diagramie Venn. Krzywa Rank będzie generowana na podstawie liczebności OTU.
  • Gatunki są klasyfikowane przez annotacje OTU, na podstawie której zostaną dostarczone: histogram profilowania gatunków, mapa cieplna i drzewo filogenetyczne.
  • Indeksy zróżnicowania alfa są generowane dla pojedynczych próbek.
  • Zróżnicowanie beta i analiza skupień są przeprowadzane dla licznych próbek.
  • Analiza porównawcza jest używana do badania istotnych różnic w wielu próbkach.