Sekwencjonowanie regionu docelowego

W przypadku sekwencjonowania regionu docelowego, podzbiór genów lub regionów genomu jest izolowany i sekwencjonowany. Ukierunkowane podejścia wykorzystujące sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) pozwalają naukowcom skoncentrować analizę na określonych obszarach zainteresowania.

W porównaniu z szerszymi podejściami, takimi jak sekwencjonowanie całego genomu, ukierunkowane sekwencjonowanie umożliwia naukowcom skupienie się na regionach, które najprawdopodobniej będą zaangażowane w badany fenotyp, oszczędzając zasoby i generując mniejszy, łatwiejszy do zarządzania zestaw danych. Podejścia ukierunkowane mogą również zapewnić znacznie wyższe poziomy pokrycia, umożliwiając identyfikację wariantów, które są rzadkie i droższe w przypadku sekwencjonowania całego genomu lub Sangera.

Analiza celowana może obejmować egzom, określone geny będące przedmiotem zainteresowania lub docelowe regiony w obrębie genów.

Sekwencjonowanie egzomu myszy do badań farmaceutycznych:

BGI ma szczególne doświadczenie i wiedzę specjalistyczną w zakresie sekwencjonowania egzomu myszy. Rozwiązanie firmy BGI wykorzystuje zestaw Agilent SureSelect XT Mouse All Exon, którego przechwytywanie 50 Mb obejmuje pełny egzom myszy i obejmuje ponad 221 784 eksonów i 24 306 genów. Zawartość opracowano na podstawie aktualnej wersji genomu myszy UCSC mm9. Plik BED z adnotacją eksonu i genu jest dostępny na stronie internetowej Agilent Array. W połączeniu z potężną platformą sekwencjonowania nowej generacji BGI i możliwościami analizy bioinformatycznej firma BGI stała się jednym z najważniejszych ośrodków badań genomu myszy.

Korzyści:

• Wysoce skuteczny: Zaprojektowany dla określonych gatunków; bardziej skuteczny w wychwytywaniu eksonów myszy.
• Szeroki zakres wykrywania: wychwytywanie zarówno popularnych, jak i rzadkich wariantów.
• Wysoce opłacalny: Koncentracja na ~ 1% genomu, w którym znajduje się większość wariantów związanych z chorobą lub cechą.

Sekwencjonowanie docelowe roślin i zwierząt dla Agrigenomiki:

Odkrycie genomowych sygnatur ewolucji oraz modyfikacja roślin i zwierząt do celów rolniczych polegało na identyfikacji SNP, które są związane z różnicami fenotypowymi. Aby zidentyfikować geny leżące u podstaw określonych fenotypów, regiony zawierające informacyjne SNP muszą zostać dokładnie zmapowane. Często regiony te są bardzo duże i mogą zawierać warianty strukturalne, które trudno zidentyfikować za pomocą istniejących technologii.

BGI oferuje sekwencjonowanie pojedynczej cząsteczki DNA w czasie rzeczywistym (SMRT) na sekwenatorze Pacbio Sequel, które oferuje elastyczne rozwiązanie dla docelowych regionów będących przedmiotem zainteresowań, niezależnie od wielkości i zapewnia pełny przegląd powiązanych genów. Dostarcza ono również długość odczytu i dokładność potrzebną do udoskonalenia dokładnego mapowania i uproszczenia składania dużych regionów.

Sekwencjonowanie SMRT umożliwia:

• Skuteczne multipleksowanie dużych amplikonów w celu szybkiego skryningu i identyfikacji wariantów.
• Odkrywanie specjalistycznych markerów dla haplotypów w celu lepszej hodowli poliploidów.
• Dokładne składanie całych regionów o wielu megabazach do badań nad połączeniami genów.
• Potwierdzenie miejsc wprowadzenia transgenów i zweryfikowanie przypadków edycji genów.
• Badanie regionów informatywnych w celu ustalenia historii ewolucji lub udomowienia.
• Wychwytywanie kompletnych genów o różnej wielkości dla elastycznego i wydajnego projektu eksperymentalnego w badaniu genów.

BGI oferuje sekwencjonowanie celowane na najnowszych platformach w branży, w tym HiSeq4000 Illuminy i Sequel System Pacbio.

Specyfikacje usług sekwencjonowania różnią się w zależności od platformy i rodzaju próbki. Aby uzyskać bardziej szczegółowe informacje, skontaktuj się z przedstawicielem firmy BGI.

HiSeq 4000:

Firma BGI akceptuje próbki całkowitego RNA, z krwi, linii komórkowej, FFPE, świeżej zamrożonej tkanki i próbki pojedynczych komórek z różnych gatunków, z następującymi wymaganiami:

Oprócz danych wyjściowych, BGI oferuje szereg standardowych i niestandardowych analiz bioinformatycznych dla projektu Sekwencjonowania Regionów Docelowych. Raporty i pliki danych wyjściowych są dostarczane w standardowych formatach plików: FASTQ, BAM, VCF, CNS i Excel.

Dostępna jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej, aby bardziej spełniała wymagania projektu klienta. Skontaktuj się z przdstawicielem technicznym BGI.