Telefon

+48 42 677 04 60

Email

biuro@polgen.com.pl

Adres

ul. Puszkina 80, 92-516 Łódź

Sekwencjonowanie ChIP

Polgen   →  Sekwencjonowanie DNA   →  Epigenetyka   →  Sekwencjonowanie ChIP
Test tube with DNA on abstract background. 3d illustration
OPIS USŁUGI
SPECYFIKACJA USŁUGI SEKWENCJONOWANIA
NGS Automatyka.1

Opis usługi

Sekwencjonowanie ChIP jest szeroko stosowane do analizy interakcji białka z DNA. Łączy ono immunoprecypitację chromatyny (ChIP) z sekwencjonowaniem DNA do zidentyfikowania miejsc wiązania białek związanych z  DNA i może być używane  do mapowania globalnych miejsc wiązania danego białka. Sekwencjonowanie ChlP oferuje wyższą rozdzielczość i bardziej dokładne informacje w porównaniu do ChIP-chip w oparciu mikromacierze.

  • Szeroki zakres detekcji: badanie interakcji białko DNA w skali genomowej.
  • Oszczędność kosztów: mniej danych wymaganych jest do identyfikacji miejsc wiązania w całym genomie.
  • Wymagana jest niewielka ilość DNA: wystarczy tylko 5ng ChIP-ed DNA dla próbki od człowieka.

Etapy projektu

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Doświadczeni specjaliści laboratoryjni przestrzegają ścisłych procedur jakościowych, aby zapewnić rzetelność wyników.

Specyfikacja usług sekwencjonowania

Usługa ChIP-Seq BGI przeprowadzana jest na sekwenatorze BGISEQ działającego w oparciu o technologię cPAS i nanokulek DNA (DNB)  w celu uzyskania najwyższej jakości danych.

Przygotowanie próbki i usługi

pppp
  • Sekwencjonowanie w trybie pojedynczych odczytów 50 pz.
  • System dostarczania i przechowywania danych w oparciu o chmurę.
  • Zaawanasowana i spersonalizowana analiza bioinformatyczna.
  • Standard 20 milionów odczytów na próbkę.
  • Czyste, przefiltrowane dane sekwencjonowania dostarczane w standardowym formacie pliku FASTQ.

Czas realizacji

2222
  • Standardowo 25 dni roboczych od zaakceptowania próbki przez Kontrolę Jakości do dostarczenia danych końcowych.
  • Dostępna jest usługa ekspresowa, w sprawie szczegółów należy skontaktować się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Wymagania dotyczące próbki

Firma BGI akceptuje próbki ChIPed DNA spełniające poniższe ogólne wymagania:

Analiza danych

Oprócz czystych danych wyjściowych, BGI oferuje zakres standardowych, zaawansowanych i spersonalizowanych bioinformatycznych baz danych dla projektu analizy ChIP-Seq. Zwłaszcza analiza korelacji genów ekspresji różnicowej RNA-Seq i genów związanych z pikiem ChIP-Seq. Raporty i pliki wyjściowych danych dostarczane są w standardowym formacie FASTQ i formatach pliku Excel z gotowymi do publikacji tabelami i rysunkami.

Standardowa analiza

  • Filtrowanie danych.
  • Uliniowienie do genomu referencyjnego.
  • Skanowanie piku i anotacja.
  • Identyfikacja pików różnicowych pomiędzy próbkami.
  • Identyfikacja pików różnicowych pomiędzy grupami.
  • Anotacja pików różnicowych.

Dostępna jest Analiza Zaawansowana

Analiza Motywów (w oparciu o 1, 2, 3)

Analiza na zamówienie

  • Statystyki epigenetycznego poziomu modyfikacji epigenetycznej i poziom ekspresji mRNA związanych genów.
  • Dystrybucja poziomu modyfikacji epigenetycznej w różne kategorie genów.
  • Całkowite połączenie poziomu modyfikacji epigenetycznej i poziomu ekspresji mRNA w różnych kategoriach genów.
  • Zależność współczynnika modyfikacji epigenetycznej i współczynnika ekspresji mRNA w parach próbek.
  • Analiza klasterowa w oparciu o poziom modyfikacji epigenetycznej i poziom ekspresji mRNA.
  • Obliczanie różnego poziomu modyfikacji epigenetycznej, gdy poziom ekspresji mRNA.
  • GO, Analiza ścieżki, powiązana funkcjonalna ekskawacja i weryfikacja genów, które różnią się zarówno modyfikacją epigenetyczną, jak i ekspresją mRNA.
POLGEN 2020