Opis usługi

Populacje komórek jest heterogeniczna i niezsynchronizowana w swoim charakterze. Tradycyjne sekwencjonowanie RNA generuje obszerną informację, ale nie zapewnia wglądu w zmienną ekspresję pomiędzy komórkami. Technologia 10X Genomics Chromium Single Cell 3′ RNA-seq zapewnia rozwiązanie dla charakterystyki komórki i profilowania ekspresji genów setek milionów komórek. Technologia 10x Genomics jest w stanie szybko i dokładnie poradzić sobie z ogromną ilością pojedynczych komórek, dostarczając rozwiązań naukowych dla szerokiej gamy zastosowań, w tym onkologii, neurologii i immunologii.

Unikatowa platforma technologiczna DNBseqTM

Usługi Sekwencjonowania Całego Genomu Człowieka BGI standardowo wykonywane są na własnym sekwenatorze DNBseq™, w celu uzyskania wysokiej jakości danych sekwencjonowania po najniższych kosztach w branży.

DNBseq™  jest własną technologią sekwencjonowania, opracowaną przez filię firmy BGI-Complete Genomics w Dolinie Krzemowej.  System wykorzystuje kombinatoryczną syntezę sond ( ang. Combinatorial Probe-Anchor Synthesis (cPAS), linearnej isotermicznej Replikacji Rolling-Circle i technologii  nanokulek DNA(DNBTM), a następnie obrazowanie cyfrowe w wysokiej rozdzielczości.

Główne zastosowania sekwencjonowania pojedynczych komórek to:

  • Odkrywanie nowych komórek i podtypów komórek
  • Badania tkanek i heterogeniczności grup komórek
  • Badanie interakcji komórek rakowych i komórek immunologicznych
  • Wyszukiwanie genów markerowych dla opracowywania leków

Etapy projektu

Firma BGI dba o próbki klienta od rozpoczęcia projektu do raportu z wynikami. Bardzo doświadczeni profesjonaliści laboratoryjni ściśle przestrzegają procedur jakościowych, aby zapewnić integralność wyników sekwencjonowania.

Specyfikacja usługi sekwencjonowania

Usługi sekwencjonownaia pojedyncznej komórki w technologii 10X Genomics wykonywane są na platformie DNBseq firmy BGI.

Sekwencjonowanie

1111111
  • Gwarantowame ≥90% zasad z indeksem jakości ≥Q20
  • DNBseq PE100 lub Illumina PE150
  • Surowe dane i analiza bioinformatyczna dostępne są w standardowych formatach pliku

Czas realizacji

2222
  • Standardowo 35 dni roboczych od zaakceptowania próbek przez kontrolę jakości do dostępności przefiltrowanych, czystych danych
  • Dostępne są usługi ekspresowe. Aby uzyskać szczegółowe informacje, skontaktuj się z lokalnym przedstawicielem BGI.

Wymagania dotyczące próbek

pppp

Linia komórkowa/Tkanka/PBMC:

  • Po obróbce próbki, zamrozić komórki w stężeniu końcowym 1x106 komórek/ml w probówkach do mrożenia (medium do mrożenia: 90%FBS+10%DMSO).

Analiza danych

Oprócz surowych danych wyjściowych, BGI oferuje zakres standardowych i spersonalizowanych bioinformatycznych bazy danych dla projektu sekwencjonowania pojedynczej komórki.

Standardowa analiza dla 10X Genomics Single Cell 3’ RNA-seq

  • Wyodrębnianie odczytów: Oddzielanie kodów kreskowych komórek i UMI od odczytów
  • Dopasowywanie odczytów: Dopasowywanie krótkich odczytów do genomu referencyjnego i transkryptomu
  • Zliczanie UMIs: Tworzenie macierzy surowego kodu kreskowego genu zgodnie z numerem UMIs
  • Filtrowanie kodów kreskowych: Filtrowanie tych kodów kreskowych, które nie pochodzą z komórkowego GEM
  • Tworzenie macierzy: Tworzenie macierzy przefiltrowanych kodów kreskowych genów
  • Wymiar PCA: Analiza głównego składnika (zachowanie najbardziej zmiennych komponentów)
  • Klastrowanie: Klastrowanie oparte na grafach w analizie PCA
  • Klastrowanie : Klastrowanie metodą K-średnich w analizie PCA
  • Wymiar T-SNE: Wizualizacja wyniku PAC w wymiarze 2D za pomocą wymiaru t-SNE
  • Analiza DEG: Identyfikacja najbardziej zróżnicowanych genów ekspresyjnych w każdym klastrze
  • Generowanie raportu: Generowanie raportu w formacie CSV i HTML

Analiza na zamówienie

Dostępna jest dalsza personalizacja analizy bioinformatycznej w celu dopasowania się do unikalnego projektu klienta: należy skontaktować się z przedstawicielem technicznym BGI.

Opis usługi

Populacje komórek jest heterogeniczna i niezsynchronizowana w swoim charakterze. Tradycyjne sekwencjonowanie RNA generuje obszerną informację, ale nie zapewnia wglądu w zmienną ekspresję pomiędzy komórkami. Technologia 10X Genomics Chromium Single Cell 3′ RNA-seq zapewnia rozwiązanie dla charakterystyki komórki i profilowania ekspresji genów setek milionów komórek. Technologia 10x Genomics jest w stanie szybko i dokładnie poradzić sobie z ogromną ilością pojedynczych komórek, dostarczając rozwiązań naukowych dla szerokiej gamy zastosowań, w tym onkologii, neurologii i immunologii.

Specyfikacja usługi sekwencjonowania

Usługi sekwencjonownaia pojedyncznej komórki w technologii 10X Genomics wykonywane są na platformie DNBseq firmy BGI.